Na een initiële parodontale behandeling kan chirurgie een goede optie zijn om verdere pocketdieptereductie te bewerkstelligen. Voor een goed behandelresultaat spelen patiëntgebonden en lokale factoren een rol. Tot de patiëntgebonden factoren behoren de mondhygiëne, de kwaliteit van de uitgevoerde initiële behandeling, het rookgedrag, de algemene gezondheid en het medicijngebruik van de patiënt. Op lokaal niveau zijn vooral anatomische en elementgebonden aspecten van invloed op het uiteindelijke succes van een chirurgische behandeling. Grofweg zijn er twee mogelijkheden om verdiepte restpockets chirurgisch te behandelen: resectief of regeneratief. Bij een resectieve benadering wordt de gingiva ingekort en uitgedund en worden er veelal botcorrecties uitgevoerd. Bij een regeneratieve benadering wordt gepoogd parodontaal weefsel dat verloren is gegaan, door nieuwvorming te herstellen. Voor beide benaderingen zijn verschillende technieken en materialen beschikbaar. Na de chirurgische ingreep moet de flap gesloten worden. Bij een resectieve benadering wordt de lap zo veel mogelijk in de richting van het bot geplaatst. Bij een regeneratieve benadering is het veelal wenselijk dat de lap coronaal van het defect sluit. Voor het hechten van het weefsel is een ruim assortiment aan draden, naalden en hechttechnieken voorhanden. Na de operatie krijgt de patiënt instructies voor de wondverzorging, pijnbestrijding en waar hij in geval van nood terecht kan. Een of twee weken later worden de hechtingen verwijderd. Na het uitvoeren van een flap kunnen er complicaties optreden. Ze zijn meestal van voorbijgaande aard. De meest voorkomende complicaties zijn een nabloeding, secundaire genezing, perforatie van de lap en het ontstaan van een botsekwester.